Оптимальным образом задать права для пользователей, а именно там, где это возможно, права на справочники и классы выдавать через группы Active Directory (см. Права пользователей в портале).
Уменьшить количество выгружаемых на портал объектов, если это является возможным.
Этого можно добиться:
Формируя портал по группе, в которую включить только нужный для портала набор объектов (регулируется с помощью параметра "Группа фильтрации" в Окне свойств портала).
Изменив/уменьшив перечень классов, выводимых в портал (регулируется с помощью вкладок "Справочники портала" и "Дополнительные справочники" в Окне свойств портала).